据台湾《联合晚报》报道，马英九最近表示，就职后将不会对陈水扁所涉“机要费”案“特赦”，让司法程序走完。对此，台湾“最高检察署”特侦组已准备就“机要费”案分案侦办，本案发展有可能两种情形，一是陈水扁可能在“520”卸任当天即被依贪污罪起诉，或再经特侦组检察官调查后起诉。

　　特侦组对重大敏感议题的响应低调到不行。发言人陈云南表示，“还没有发生的事，没办法说明！”但根据法院“组织法”规定，卸任“元首”涉案的调查权属于特侦组，特侦组虽然目前还未分案，但高层已有属意的办案人选，由于检方目前仍认为陈水扁与吴淑珍是共犯，因此，可能分案后直接起诉或传讯后再起诉。

　　2006年11月3日，前台湾“高检署”查黑中心检察官陈瑞仁借调台北地检署，将“机要费”案依贪污、伪造文书罪起诉，被起诉者包括有“第一夫人”吴淑珍、前“总统府”秘书马永成、前“总统府”办公室主任林德训、出纳专员陈镇慧。

　　当时，检察官陈瑞仁认定陈水扁是共犯，于起诉书中叙述犯罪事实提及“陈水扁先生”时，在其后以括号注记“俟其经罢免或解职后再行诉究”，根据陈瑞仁的说法，陈水扁两度接受讯问，他都告知陈水扁是“被告”，且告知陈水扁应有的法律权利，陈水扁皆称愿意接受调查。

　　陈瑞仁对陈水扁侦查而未起诉的动作，后来被法界形容他视陈水扁为“潜在性被告”，法界讨论莫衷一是，原因在于台湾法律赋予现任“元首”刑事豁免权。