目前，政府机构和职能仍然存在着许多不适应之处：

　1.一些需要集中管理的职能过于分散，机构设置过多，职责分工过细，如食品安全涉及9个部门，造成职能交叉，权责不清；

　2.交通运输分运输方式设置独立部门，难以适应建设现代综合运输体系的需要，导致铁路、水运等绿色运输方式发展滞后；

　3.能源作为国民经济中的重要产业，缺乏一个统一管理的独立部门，不适应建立现代能源产业的要求；

　4.促进互联网、电话网、广播电视网三网融合，曾写入“九五”、“十五”规划、也写入“十一五”规划，但由于管理职能分散，至今未能实现。

　　1.权力整合难

　　 要整合这些行政资源，就像剥蚕丝一样，每一根丝都触动一大片官场神经，稍有不慎，不是形成权力真空，就是形成新的权力交叉、重叠，还会引起官场“地震”。

　　2.人员分流难

　　带职分流，就是定编定员后，超编干部离开机关，保留职级。那么保留职级后到哪里去呢？必须是“大庙”，才能供养这些高级别的“大菩萨”。

　　3.机制磨合难

　　大部制不是几个“小部”的简单迭加，如果这样的话，在大部制下，原来的“部”降格为“司”，“阎王”变成了“小鬼”，但手中的权没有变，改革就没意义。

　　4.运行监督难

　　 有人担心，大部制改革可能把分散的部门利益，积聚为集中的部门利益。如果一个部门变为一个超级部，权力很大，相当于过去一个副总理的职权，就会“尾大不掉 ”，对它进行监督恐怕更加困难。

　　1.试点先行

　　大部门体制改革因为涉及的因素十分复杂，需要进行系统的改革设计，这就需要先行试点。通过大部门体制改革试点，积累改革经验，以便全面推广。试点要重点抓好如下工作：如何确定大部门下属机构的组织形式，如何确定大部门体制中的决策机制、协调机制，如何强化大部门的监督机制、问责机制，等等。

　　2..稳妥实施

　　根据我国经济社会发展的状况和我国政治体制改革与行政体制改革的客观进程，可考虑经过15年左右的时间，在我国基本实现完善大部门体制的目标。在近5年的时间内，主要进行2-3个大部门体制改革的试点。试点的单位可以选择人民群众呼声最强烈、迫切需要加强统筹、相对容易推进的部门。比如，可关注食品安全综合协调，明确食品安全的综合监管责任；针对目前十分严峻的环境形势，也要加强对环境保护的统筹协调，并相应调整部门设置。对于一些迫切需要解决的职能交叉问题，个别部门整合有困难的，也可以逐步推行，不求一步到位。

　　3.系统设计

　　要全面、科学地设计大部门体制改革的方案。主要是统筹考虑机构合并、职能整合、人员优化与领导安排，统筹考虑部门组织结构，协调机制与监督机制，统筹考虑大部制改革、决策与执行的改革、行政审批制度改革，等等。要通过积极稳妥的改革，最终建立起适应服务型政府、责任政府、法治政府要求的现代政府大部门体制。